تزيد احتمالية حدوث الأمراض المناعية المختلفة بنسبة ثلاثة إلى عشرة أضعاف وتشمل أمراضًا مثل السكري النوع الأول، مرض أديسون، مشاكل الغدة الدرقية، الصدفية، اعتلالات الأعصاب الطرفية، متلازمة شوغرن، التهابات الكبد ذاتية المناعة وغيرها، تزيد فرصة الإصابة بهذه الأمراض كلما تعرض الأشخاص المصابين لمادة الجلوتين لفترات طويلة وبالتالي فإن التشخيص المبكر والحمية الصارمة قد تحد من تطور هذه المشاكل .

في بعض الأمراض وتحديدًا مشاكل الغدة الدرقية واعتلالات الأعصاب ؛فإن الحمية تقلل من حدة المشكلة، أما في الأمراض الأخرى فإن الحمية لاتؤثر بشكل إيجابي على تطور الأعراض وشدتها، فالأفضل إذًا هو تشخيص المرض الزلاقي مبكرًا والبدء بعلاجه منعاً لحدوث هذه المشاكل من البداية .

بالرغم من أن غالبية المرضى يظهرون أجسامًا مضادة في فحوصاتهم إلا أن مانسبته (٢-٣ %) من المصابين بالمرض الزلاقي لا تتطور لديهم أية أجسام مضادة على الإطلاق، يجعل ذلك من تشخيص الحالة أمرًا صعبًا فكثير من أمراض الجهاز الهضمي تتشابه مع المرض الزلاقي أما من حيث الأعراض أو من حيث التغييرات التي تظهر على بطانة الأمعاء .

تبدأ رحلة التشخيص بإجراء الفحوصات الجينية للمريض، فإذا لم يحمل المريض الجينات الخاصة بالمرض الزلاقي يكون التشخيص مستبعدًا ونبدأ رحلة البحث عن تشخيص آخر، إذا كان المريض في المقابل يحمل الجينات الصحيحة، نبدأ بإجراءات الحمية لسنة كاملة ومن ثم نراقب الأعراض وندرس بطانة الأمعاء، إذا تحسنت عوارض المرض وبطانة الأمعاء فإن المريض يعاني من المرض الزلاقي، يظهر المصابون في هذه المجموعة أعراضًا تقليدية مثل الإسهال، آلام البطن وسوء الامتصاص ويكونون أكثر عرضة لمضاعفات المرض الزلاقي؛ قد يكون السبب في ذلك تأخر اكتشاف الحالة لديهم بسبب سلبية الأجسام المضادة .